Mit der Nennung eines „capellanus in castro“ 1259 und einer „capelle uf der borg“ ist das Vorhandensein einer Kirche spätestens seit dieser Zeit urkundlich belegt. Geweiht war die Kirche den Schutzheiligen St. Pantaleon und St. Anna, die für die Schloßkirche bis in die Gegenwart verbindlich geblieben sind. Da in der Folgezeit nur noch von Umbauten und Anschaffungen zur Ausstattung die Rede ist, muß sich diese Kirche bereits an der Nord-Westecke des Schloßrings, also dem heutigen Standort der Schloßkirche befunden haben.

Während die Schloßkirche ursprünglich nur dem gräflichen Haushalt, der natürlich auch das Gesinde einschloß, zu Gottesdiensten diente, begründete Graf Christian Ernst durch Verordnung von 5. Februar 1716 die Schloßgemeinde, die alle Bediensteten des Grafen einschließlich der in der Stadt wohnenden einbezog. Diese Schloßgemeinde hat juristisch bis 1952 bestanden.

Letztmalig sind Bauarbeiten an dieser Schloßkirche um 1817 überliefert. Sie wurde anläßlich des dreihundertjährigen Jubelfestes der Reformation neu eingerichtet und blieb bis zum Abriß 1870 in ihrer barocken Form unverändert.
Die heutige Schloßkirche entstand während des letzen großen Schloßumbaus (1863-1885) im Auftrag des Grafen (seit 1890 Fürsten) Otto zu Stolberg-Wernigerode (1837-1896), anstelle des barocken Vorgängerbaus zwischen 1870 und 1880. Der Schloßbaumeister Carl Frühling (1839-1912) errichtete diesen Kirchenbau unter Einbeziehung von Entwürfen des bedeutenden Wiener Architekten Friedrich von Schmidt (1825-1891). Zum Osterfest des Jahres 1880, am 4. 4., wurde die Schloßkirche feierlich eingeweiht. Graf Otto zu Stolberg-Wernigerode (1837-1896) verlieh dem Architekten Carl Frühling (1839-1912) für seine Verdienste am Kirchenbau den Titel „Schloßbaurat“. Am 6. 4. feierte man die Konfirmation des Erbprinzen Christian Ernst zu Stolberg-Wernigerode in der Schloßkirche.

Die heutige Schloßkirche ist eine historistische Hallenkirche mit eingezogenen Emporen, allerdings mit Reduktionen, die von den Einschränkungen des Standortes vorbestimmt waren. Das Chorpolygon zieren hohe Buntglasfenster, entworfen von dem später in Sinzig im Rheinland ansässigen Künstler Carl Christian Andreae. Die Innenausstattung der Kirche wird durch den neogotischen Altar und die Kanzel aus französischem Kalkstein bestimmt. Die Nischenfiguren an Altar und Kanzel schuf der Bildhauer Karl Dopmeyer (1824-1898).

Gegenwärtig ist die Schloßkirche als „Originalraum“ zu besichtigen. Sie wird aber auch häufig zu Konzerten oder für Hochzeiten genutzt, bei denen dem Gast die Walcker-Orgel von 1877 zu Gehör gebracht werden kann.

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